根据清华大学教务处网站信息，本科生毕业论文需要用知网论文查重，即知网PMLC系统, 全称是中国知网大学生论文管理系统。详见下文：
清华大学本科生综合论文训练论文查重管理办法
2015年1月12日修订
为规范学位论文管理，推进建立良好学风，提高人才培养质量，根据《中华人民共和国学位条例》、《中华人民共和国高等教育法》、《学位论文作假行为处理办法》，制定本办法。
- 论文查重办法
我校使用“中国知网”大学生论文管理系统进行论文查重工作。学校对全体应届本科毕业生综合论文训练密级为“公开”的论文进行查重，涉密论文待保密期满后查重。论文查重工作采取院系普查与校级抽查相结合的方式开展。
- 院系普查
各院系成立论文查重工作小组。工作小组负责组织开展院系的论文查重工作，向学生和指导教师说明论文查重工作的具体安排，参考大学生论文管理系统的查重结果进行人工筛查，并给出人工筛查结果。
指导教师应及时掌握论文查重情况，强调论文纪律，对学生进行学术道德、学术规范教育，杜绝学术不端行为的发生。
院系论文查重工作及工作总结在综合论文训练论文答辩之前完成。
2、校级抽查
教务处负责校级抽查工作。学生论文答辩结束后，教务处在全体应届毕业生的综合论文训练的论文中（密级为“公开”的论文）进行随机抽查，抽查比例为3%-5%。教务处组织专人对所抽查的论文进行人工筛查。
- 论文查重流程
院系普查阶段：
- 学生上传论文：在距答辩日一周前，学生本人将综合论文训练的论文上传至“中国知网”大学生论文管理系统。每位学生有一次上传论文的权限。
- 指导教师查重：指导教师检查论文查重情况，配合院系查重工作小组，确定论文查重结果，并做出相应处理意见。
- 工作小组查重：在学生上传论文后，院系查重工作小组对大学生论文管理系统的查重结果进行人工筛查。
- 查重结果处理：对于文献引用不规范的论文，允许论文作者做出相应修改并写出修改说明；对于疑似存在学术不端现象的论文，经（院）系学术委员会鉴定，按照学校规定做出相应处理。
- 院系总结：在学校抽查前，院系教学办公室向学校提交普查总结。
校级抽查阶段：
- 公布抽查名单：学校在学生答辩后公布抽查名单。
- 学校上传论文：院系教学办公室向学校提交被抽查学生的论文电子版。教务处实践教学科组织论文查重。
- 查重结果处理：若出现疑似学术不端现象的论文，教务处将组织由各院系教授组成的校鉴定小组进行鉴定。教务处根据校鉴定小组的鉴定结果，按照学校规定做出相应处理意见。
三、学术不端行为的处理办法
若综合论文训练的论文出现剽窃、伪造数据或其他等学术不端行为，学生综合论文训练成绩将记为“不通过”。
本办法自2015年1月12日起执行，教务处负责解释。
清华大学教务处
2015年1月12日
另外，根据清华大学教务处2013年3月27日规定的处理办法如下：
经论文查重，综合论文训练论文出现剽窃或者伪造数据等作假情形的，学校将取消学生学位申请资格，具体标准及处理办法如下：
论文全文上传查重后，根据查重结果，文字复制比为8%以下的定为“一般重复”，文字复制比为8%-15%的定为“中度重复”，文字复制比为15%以上的定为“重度重复”。
1、“一般重复”的论文，论文修改后经导师审查并签字确认，可进入答辩环节；
2、“中度重复”的论文，由工作小组对重复内容进行认定，对于论文核心内容（如：论文的主体研究部分、研究结论）的重复，要求学生重点修改，论文修改后经导师审查并签字确认，可进入答辩环节；
3、“重度重复”的论文，由工作小组对重复内容进行认定，对于论文核心内容的重复，要求学生重点修改，论文修改后经导师审查并签字确认，再由工作小组进行二次查重，二次查重文字复制比在5%以下，且论文核心内容无重复的，方可进入答辩环节，否则不得参加答辩，综合论文训练成绩记为“不通过”；
4、推荐参加校级/院系级优秀论文评选的论文要求文字复制比为5%以下且论文核心内容无重复。
本办法自2013年4月1日起执行，教务处负责解释。
