虽然清华同方CNKI推出的知网论文检测系统如TMLC、PMLC、AMLC等对防范学位论文中的学术不端行为起到了积极的左右，但在实际应用中，还是不断的爆出学术论文抄袭剽窃现象，其并不能完全有效的杜绝学位论文中的学术不端行为，主要有以下几个原因：
1.研究生导师对学位论文指导不足
由于研究生扩招的影响，目前普遍存在研究生导师指导学生数量过多的现象。 除了指导研究生外，导师还承担着繁重的教学科研等工作任务，使得教师缺乏充足的时间和精力来指导研究生学位论文写作， 甚至部分导师责任心差，不对研究生撰写学位论文进行指导，从而使研究生在撰写学位论文中失去了最有效的把关环节。
2.研究生对学位论文的重视程度不足
研究生扩招速度较快，但师资实验室等教学资源增长相对滞后，培养要素的不足使得研究生缺乏撰写学位论文的素材。由于面临严峻的就业形势和生活压力，许多研究生最后一年的许多精力和时间放在找工作方面，没有对学位论文写作足够重视，尤其是文科学生学位论文写作更是仓促。
3.缺乏系统的学术规范教育，尚未形成权威的指导性的学位论文撰写规范
研究生教育不同于本科阶段的通识教育。科学研究是研究生的主要使命，因此良好的科研道德素养是一个科学研究者首要的必备素质。目前国内只有少数高校对研究生开展了系统的学术规范教育，从长远来看应将学术规范教育作为研究生课程教学的一个重要内容来对待。
此外我国目前还没有形成权威的指导性的学位论文写作规范，甚至多数导师对学位论文写作也没有深刻的认识，往往根据自己写学位论文的经验来指导学生，这样就导致在同一个学校同一个学科的导师都可能采用的不同的标准，造成学位论文写作不够严谨规划，更不用提对于学术不端行为的界定与审核把关了。
